John Bauer föddes i Jönköping 1882. Han växte upp tillsammans med sina två bröder i en lägenhet ovanför sin pappas affär vid Östra torget och i Villa Sjövik i Jönköpings utkant. När han bara var sexton år gammal åkte han till Stockholm för att börja studera till konstnär. Två år senare antogs han som elev på Konstakademien. Redan när han gick på konstskola fick han arbete som illustratör. Han inspirerades av andra konstnärer som Albert Engström och Carl Larsson och lärde sig mycket av dem.

Sommaren 1904 gjorde den unge John en månadslång fotvandring i fjällen med kamera på axeln och skissblock under armen. Han skulle illustrera en bok om Lappland.

När han var tjugofyra år gammal gifte han sig med Esther Ellqvist. Han lärde känna henne när de gick på konstskolan tillsammans. De reste till Tyskland och Italien på en årslång studieresa och lärde sig av konsten de såg på muséer.